Застройщики, «Related Companies» и «Vornado Realty Trust», наняли для подготовки нового проекта нью-йоркский филиал архитектурной фирмы HOK, работавшей над ним вместе с дизайнерами застекленных конструкций «James Carpenter Design Associates». Следует заметить, что именно это бюро стояло у истоков проекта нового комплекса вокзала и разработало предварительную его версию еще в начале 1990-х. Оригинальный вариант Дэвида Чайлдса (SOM) был отеменен в связи с изменением первоначального плана: теперь гораздо большие площади Почтамта 1914 года постройки будут сохранены, чем предполагалось ранее.
Проект стоимостью $818 млн. долларов будет реализован не раньше 2011 года. За реставрированном фасадом в стиле Beaux-Arts будет скрываться Зал поездов с 11 платформами, в плане – квадрат со стороной 43 м, рядом расположится Пересадочный зал (60 х 18 м), соединяющий железнодорожный вокзал со станцями метро, и «Коридор Восток/Запад» (90 х 18 м), по которому можно будет попасть в новое крыло комплекса.
Войти внутрь вокзала можно будет через 33 входа. Обслуживать его будет около 3300 человек.
Над помещениями транспортного узла появятся гостиница и магазины, также запланировано строительство жилых зданий.
Зал поездов будет перекрыт стеклянной крышей волнистых очертаний, поддерживаемой стальными опорами, которые должны напоминать пассажирам о старой Пенн Стейшн, которая размещалась напротив Почтамта и была снесена в 1963 году.
Дневной свет будет освещать интерьер также через специальные застекленные «рвы» в тротуарах у внешних стен вокзала и через стеклянные трубы, проложенные внутри стальных опор главного пространства здания.

Свое название новая станция получила по имени покойного нью-йоркского сенатора Даниэля Патрика Мойнихана - активного сторонника проекта.