Позднеклассическое здание, построенное в середине XIX в. учеником Шинкеля Фридрихом Штюлером, очень сильно пострадало во время Второй мировой войны – гораздо сильнее, чем любая другая постройка «Музейного острова». Поэтому оно и не было восстановлено в 1950-е годы, как Пергамский или Старый музеи. Но комплексная реконструкция всего ансамбля музеев на острове Шпрееинзель, задуманная в 1990-е годы, потребовала восстановления и этой руины. В проведенном в 1997 конкурсе на проект реконструкции Музейного острова» (и в его составе – Нового музея) победил вариант Дэвида Чипперфильда и архитектора-реставратора Джулиана Харрапа (Julian Harrap), предложивших отреставрировать все, что возможно, но воздержаться от воссоздания несохранившихся частей постройки Штюлера в первоначальном виде.

Такая позиция нашла своих противников в среде политиков, ученых, неравнодушных к судьбе своего города берлинцев, желавших видеть Новый музей тщательно восстановленным во всем великолепии: с восхваляющими прусского короля иероглифическими надписями на копиях колонн Карнака, с рельефным фризом «Гибель Помпей», с позолотой и фресками. Но архитектору удалось убедить своих оппонентов в том, что бездумное копирование прошлого ничего не даст обновленному Музейному острову и всему Берлину. Напротив, под новенькой гладкой штукатуркой и восстановленными по оригинальным картонам росписями будет погребена настоящая история, сохранение следов которой ставит себе целью любой музей.

В 1999 ЮНЕСКО включило Музейный остров в список Всемирного наследия, и проект Чипперфильда был переработан в соответствии с более жесткими международными правилами; также его радикальность была смягчена в ходе дискуссий с представителями общественности. Впрочем, архитектор, всегда признававший, что любит работать в Германии, видит в активности немцев (в отличие от более равнодушных, по его мнению, британцев) положительный фактор, служащий конечному улучшению проекта.

В ходе работы над планом реконструкции конкретное решение приходилось принимать практически по каждому из помещений: хотя интерьеры пострадали от бомбежек, вызванного ими пожара и последовавших десятилетий воздействия дождя и ветра, немалую часть удалось отреставрировать. Вместе с тем, некоторые части здания были почти уничтожены в войну и позже их снесли во избежание дальнейших разрушений, и поэтому северо-западное крыло и юго-восточный купольный зал были сейчас возведены заново – в характерных для Чипперфильда лаконичных формах с отзвуком классики. Также полностью новое оформление получил центральный вестибюль и два внутренних двора – бывшие Греческий и Египетский. Но даже то, что сохранилось, решено было ни в коем случае не поновлять: целью архитектора и реставраторов было четко показать посетителю, что осталось от постройки Штюлера, а что – дополнение XXI века. Такой подход ясно виден на пятнистом главном фасаде: там сочетаются подлинная каменная облицовка и штукатурка новой кирпичной кладки. Такая же штукатурка покрывает фасад возведенного по современному проекту северо-западного крыла: он повторяет ритм и пропорции членений исторической части постройки, но не пытается ее копировать.