Архитекторы Дэвид Чайлдс и Даниэль Либескинд уточняли созданный совместно в декабре 2003 «концепт» небоскреба полтора года. Когда обновленный вариант был уже почти готов, Управление полиции Нью-Йорка выступило с запоздалым требованием сделать постройку более безопасной, максимально защитив ее от атак террористов, в частности – от взрыва бомбы, заложенной в автомашину.
В результате, башню отодвинули от проезжей части на 12 метров, а ее основание было превращено в монолитный пьедестал высотой в 20 этажей (60 м). Всего постройка будет возвышаться на 1362 фута (415 м), что равно высоте одной из башен-близнецов, а вместе с парапетом крыши ее высота составит 1368 футов (417 м), что повторяет вторую постройку. Общая высота, благодаря огромному шпилю-антенне, достигнет символических 1776 футов (541 м) – в 1776 году США обрели независимость.
В процессе переработки проекта исчезла энергичная, закрученная кверху, форма первой редакции, а шпиль, поставленный на краю крыши башни, вторя поднятой руке Статуи Свободы, переместился в стабильный центр. План превратился из параллелограмма в квадрат со стороной в 60 м – как в старых небоскребах ЦМТ. Исчезла полностью легкая структура на вершине башни из кабелей и ветряных турбин.
Кубическое основание сооружения, где предусмотрены только небольшие окна-щели на высоте 9 м, будет вмещать вестибюль и технические этажи. Снаружи блок оживят гравированные листы металла.

Оживить пространство вокруг призван ландшафтный архитектор Питер Уокер, для которого это уже второй заказ в новом комплексе ЦМТ: он же создавал вместе с Майклом Арадом проект мемориала жертвам терактов.
Выше квадрат плана плавно перейдет в восьмиугольник, а затем – вновь в квадрат. В целом, новый проект имеет гораздо больше общего со старым Центром мировой торговли, а, учитывая монолитный пьедестал небоскреба, намного превосходит предшественников по суровости и неприступности. Ответ террористам, который должна воплощать постройка, превратился из вызова мира свободы в вызов могущественной империи.