Михаэль преподавал в МАРХИ на кафедре «Архитектура жилых зданий» с 2003 года на протяжении более 12 лет. Его опыт архитектора и инженера оказал влияние на подход к выполнению традиционных курсовых проектов в части повышенного внимания к вопросам современных конструкций и материалов, энергоэффективности, экологичности, экономики и социальной целесообразности.

Михаэль Айхнер преподавал очень увлеченно, напористо, не терпел неряшливых рассуждений и был одновременно строг к студентам и терпелив в объяснениях своих позиций, чем снискал в их среде искреннее уважение.

Под его руководством студенты не раз становились победителями различных международных и отечественных конкурсов. В 2007 году они выиграли профессиональный конкурс на «Музыкальный центр Святослава Рихтера в Тарусе».
 
Михаэль устраивал ознакомительные экскурсии в Мюнхен по вопросам строительства социального жилья, крупных промышленных объектов, офисных центров, инфраструктурных и транспортных сооружений. Совместно со студентами занимался изданием буклетов по проектам энергоэффективных домов средней этажности, вместе с тем он активно проектировал и строил в Москве и Подмосковье, пригородах Санкт-Петербурга, привлекая к этой работе студентов, многие из которых впоследствии организовали свои проектные фирмы, работающие и сейчас очень успешно.