Научный центр биологических исследований Пущино Академии наук СССР возник в 1956 году. Генплан города создавался в институте ГИПРОНИИ АН, и в нем была заложена идея нового типа города для ученых.
С самого начала активное участие в проектировании принимали академики, которые вносили свои предложения и в значительной степени влияли на архитектуру, как отдельных объектов, так и на градостроительные решения, чтобы создать оптимально благоприятные условия для работы ученых.
В 1960-х гг. в реализации проекта озеленения активное участие принимали специалисты Главного ботанического сада Академии наук, заложившие зеленый каркас города. Этот процесс во многом был экспериментальным, многие решения по озеленению были впервые опробованы в Пущино. Влияние биологов на градостроительство было велико. Так, в частности, овраги, которые были запланированы генпланом к засыпке, получили статусы заказников. 
Начиная с 1979 году в городе начала действовать экспериментальная программа «Экополис» - исследование городской среды с психологической и с экологической точек зрения.
Решения, которые были реализованы за время строительства города, прошли проверку временем и обстоятельствами, и остаются актуальными сегодня.