Начало нового этапа археологических исследований на территории Казанского Кремля связано с созданием в 1994 г. Государственного историко-архитектурного и художественного музея-заповедника "Казанский кремль". В 1995 г. в соответствии с Постановлением Кабинета министров РТ об "Основных направлениях научной концепции сохранения, реставрации и использования Казанского Кремля" от 1994 г. была образована специальная Научно-исследовательская группа "Археология Казанского Кремля (руководитель Ф.Ш.Хузин). Основной задачей этой группы было определено проведение планомерных и широкомасштабных археологических раскопок на территории древнего города. Ее сотрудниками была подготовлена и издана брошюра с программой проведения археологических исследований на территории Казанского Кремля в 1995-2005 гг. В этой работе, проводимой учеными Института истории Академии наук Татарстана и Казанского государственного университета, было выделено несколько основных, наиболее перспективных и первоочередных задач. Одна из них была связана с определением времени возникновения города Казани. В числе приоритетных направлений указывалось также на необходимость изучения динамики территориального развития города и его укреплений, имеющее практическое значение при решении вопросов реконструкции древнего облика города. Изучение динамики роста исторической части города обязывало также рассматривать вопросы локализации некрополей древней Казани и исторически известных архитектурных памятников. В программе особо отмечалась необходимость выявления и исследования зданий периода Казанского ханства. Предполагалось, в частности, досконально изучать все сохранившиеся здания XVI-XVIII вв. на предмет уточнения времени их строительства и возможного выявления более ранней архитектуры; одновременно продолжать поиски руинированных остатков каменных, кирпичных и деревянных сооружений различных функциональных назначений. При этом самостоятельно выделялась проблема Казани раннерусского времени, учитывая то, что она длительное время сохраняла статус второго после Москвы города в Российском государстве и играла важную роль в его развитии.

В плане реализации этой программы с 1993 по 2001 г. на территории Кремля было заложено 44 раскопа на общей площади 9038 кв. м, проведено более десятка наблюдений за земляными работами. Краткие сведения об этих раскопах приведены в нижеследующей таблице:

В результате проведенных работ накоплен огромный археологический материал для изучения истории средневековой Казани.

Материалы по археологии раннего города были получены уже в первые годы раскопок на территории Пушечного двора. Здесь раскопами I и XVI была вскрыта площадь в 510 кв. м. В культурных отложениях обеих раскопов довольно четко определилась полная стратиграфическая картина Кремля, показывающая непрерывность накопления слоев начиная с домонгольского времени вплоть до современности. Было изучено значительное количество сооружений XII-XVII вв., в том числе жилища, хозяйственные постройки и остатки уличной мостовой и прочие объекты. Одним из уникальных, но, к сожалению, плохо сохранившихся объектов оказалось кирпично-каменное сооружение первой половины XVI в.

Территория Кремля южнее Благовещенского собора изучалась в 1994-1997 гг. раскопами II-III общей площадью 797 кв. м. Эти исследования дополнительно подтвердили правильность выделения домонгольского слоя и дали значительный материал для изучения истории древней Казани XI-XVI вв. На раскопе II были выявлены остатки древнейших укреплений города в виде земляного вала, насыпанного не позднее рубежа X-XI вв. Эта дата была подтверждена в последствии результатами радиоуглеродного анализа образцов, взятых из прослойки, перекрывающей склон вала. На участке раскопа, примыкающей к северному склону Тезицкого рва, были расчищены остатки крупного каменного здания ханского времени. Под фундаментом другого здания XVI в., полностью разобранного в XIX в., были обнаружены два клада древнерусских монет второй половины XV - первой половины XVI вв.

В целях изучения ранних укреплений города в этом же районе, западнее раскопов II-III, в 1998 г. был заложен еще один раскоп - XX, выявивший остатки белокаменных конструкций, предположительно связанных с проездными воротами домонгольского и золотоордынского времени. Следы каменной стены, примыкавшей к этим воротам, были зафиксированы еще при раскопках А.Х.Халикова.

Специальные исследования по изучению фортификации древней Казани в пределах Кремля проводились в 1995 г. (раскоп V), 1997-2000 гг. (раскопы X, XV, XVIII, XIX, XXX, XXXIII), когда по восточному склону холма на площади 1312 кв. м были вскрыты остатки белокаменной стены, функционировавшей с конца XII по XVI в. включительно.

Интереснейший материал по изучению топографии древней Казани был накоплен при исследованиях участка Кремля, расположенного к востоку от Благовещенского собора. В раскопе IX, в частности, были зафиксированы следы еще одной улицы, возникшей еще в конце домонгольского времени и упомянутой позднее в "Писцовой книге 1565-1568 гг.". Уникальной находкой из древнейшего слоя раскопа оказалась древнечешская монета Х в. Раскопом XI, заложенном у апсид Благовещенского собора, четко выявлен слой пожарища 1552 г., который был перекрыт строительным горизонтом этого православного храма.

За пределами древнейших стен первоначальной Казани в восточной части Кремлевского холма, у подошвы склона, располагались раскопы IV и XIII. Первый из них, примыкавший к Воскресенской башне" не выявил отложений ранее золотоордынского времени, но так называемый "ханский слой" был насыщен объектами хозяйственного назначения. Чрезвычайно интересным оказался раскоп XIII, в домонгольском слое которого обнаружены арабский дирхем первой половины Х в., бронзовая с позолотой накладка на ремень конской сбруи (накладка "венгерского" типа), а также изучены остатки жилища, стратиграфически датированного XI-XII вв. Кроме того, на этом раскопе хорошо сохранились деревянные сооружения XV- первой половины XVI в. (в том числе мастерская кожевенника), расположенные по обе стороны улицы с деревянной мостовой.

При проведении раскопов VI, VII, XVII на месте строительства новой мечети Кул Шариф , а также в раскопе VIII в районе бывшего Спасо-Преображенского собора слоев ранее середины XV в. не удалось выявить, хотя встречались и более ранние находки. Этими наблюдениями, важными для исторической реконструкции Кремля, были установлены примерные границы распространения культурного слоя домонгольского времени.

Исключительный интерес представляют материалы, полученные А.М.Губайдуллиным и П.Н.Старостиным при раскопках Северной и Северо-Восточной башен Кремля. Появились определенные основания говорить о ханском времени (первая половина XVI в.) строительства Северной башни.

В ходе раскопок 1999 г. за пределами Кремля, примерно в 200 м к востоку от Дмитриевской башни на ул. Батурина С.И.Валиулиной, были открыты следы ремесленного посада, в домонгольском слое которого зафиксированы четкие признаки металлургического производства в виде скопления железных шлаков.

Таким образом, длительная история изучения Казани получила свое продолжение в современных исследованиях, проводимых Государственным музеем-заповедником "Казанский Кремль". Создана значительная источниковая база для разностороннего и более глубокого изучения прошлого нашей столицы. В результате проведенных археологических исследований, которые в основном были сосредоточены на территории Кремля, накоплен огромный фактический материал, который еще надлежащим образом не обработан и не опубликован. Достоянием научной общественности стала лишь часть материалов, легших в основу доказательств времени возникновения города Казани. Они прошли научную экспертизу и апробацию на Международных научных конференциях "Историческая география, торговые пути и города Среднего Поволжья IX - XII веков" (Казань, 1998 г.), "Средневековая Казань: возникновение, развитие" (Казань, 1999 г.), "Великий Волжский путь" (Казань, 2000 г.) и др.