Архитектурно-археологическое изучение Благовещенского собора насчитывает не один десяток лет, однако его общие итоги нельзя признать удовлетворительными. В последнем повинны две особенности памятника: 1) Домовая церковь великих князей и царей никогда не существовала отдельно от окружавшей ее дворцовой застройки. Помимо выстроенного итальянцами Большого дворца, на государевом дворе существовал еще один, малый комплекс зданий, в котором Благовещенский собор играл роль доминанты. Расположенный на значительно более низкой отметке, чем основной дворец (на отметке дворца XIV в.), этот комплекс включал в себя Казенный двор с Казенной полатой, жилые покои государева духовника и две церемониальные лестницы: одну - Благовещенскую - "на Площадь", другую - через казенный двор "к Архангелу". Дата постройки покоев духовника неизвестна, Казенная же палата была возведена перед алтарями собора одновременно с ним. Вся эта обстройка погибла во второй половине XVIII в., а в середине XIX в. здание собора было подвергнуто стилизаторской реставрации, уничтожившей или прикрывшей ее подлинные следы. 2) В создании Благовещенского комплекса участвовали мастера разных архитектурных школ - псковичи и итальянцы. Есть все основания полагать, что итальянцам как искусным декораторам была поручена достройка или перестройка всех наружных ходовых частей собора, связанных с дворцовым обиходом, и что обновление здания происходило в отдельных случаях по мере его возведения: итальянские мастера выламывали то, что русские мастера успели закончить накануне. Из сказанного следует, что штудирование кладок памятника представляется делом исключительно трудным. Быть может, поэтому современные исследователи все чаще становятся на путь игнорирования сложной и запутанной строительной истории памятника. Об этом свидетельствует ряд публикаций, в которых Благовещенский собор изображается в своем первоначальном виде без составляющей с ним одно целое Казенной палаты. Подобная концепция памятника не может способствовать его успешному изучению. Исследователям, стремящимся воссоздать строительную историю собора в полном объеме, предстоит ответить на три основных, касающихся обстройки памятника вопроса: что представляло собой здание Казенной палаты, кто ее строил, как при этом выглядел восточный фасад собора?
        Наиболее приближенное к натуре изображение Казенной палаты мы находим в "Книге об избрании и венчании на царство царя и великого князя Михаила Федоровича", а план ее первого этажа - в делах Сената. Это была двухэтажная одностолпная палата под высокой четырехскатной кровлей. Между палатой и восточной стеной собора располагалась его так называемая "задняя" паперть, известная по другим источникам как "паперть от Казенного двора" (последнее - наше предположение). Палата и паперть были разобраны в два приема архитектором Д. Ухтомским в 50-е гг. XVIII в. В своих рапортах Д. Ухтомский дает ее краткое описание. Палата была перекрыта сводом на рапсалубках, ее окна (а значит, и двери) богато украшены резьбой, а стены и своды расписаны по левкасу. В ней стояли иконостасы и некое "старинное с седалтщами и приступками, знатное место" (каменный трон, по-видимому, поставленный здесь в связи с наложенной на Ивана Грозного епитимьей за четвертый брак). В процессе разборки паперти Ухтомский перенес принадлежащее ей окно с гирькой и портал на паперть под Георгиевский придел, где их можно видеть и поныне. И окно, и портал, вне сомнения, итальянской работы. По прошествии нескольких десятков лет после разборки палаты обезображенная восточная стена под апсидами была по их абрису протесана до земли и перелицована. В XIX в. лишенные декора полукружия подлинных апсид были украшены никогда не существовавшим здесь аркатурным поясом. На протяжении всего периода изучения Благовещенского собора паперть оставалась камнем преткновения для исследователей. Даже беглый осмотр этой части собора не оставляет сомнения, что "южная паперть" возникла в результате разборок и перестроек. Многочисленные планы Казенного двора, выполненные "командою" Д. Ухтомского, это подтверждают. Южная паперть в ее сегодняшнем виде образовалась после разборки трех поперечно ориентированных стен между палатою, собором и наружным ограждением паперти и одного пристенка (к стене дьяконника). Наименование "грозненского" было присвоено крыльцу романтически настроенными исследователями первой половины XIX в. и ни в коей мере не должно служить указанием на его датировку. Напротив, покрывающая колонны (одна из них in situ) великолепная, раскрашенная прямо по камню резьба тождественна резьбе фрагментов Казенных палат и паперти и может быть с полным основанием отнесена к тем же 80-м г.г. XV в. Поскольку доступ в Казенную палату был возможен только через южную паперть, мы получаем возможность твердо датировать южную обстройку собора 1489 г. И, наконец, крупной историко-архитектурной проблемой Благовещенского собора является его соверо-западная паперть с Благовещенской лестницей. Как и вся обстройка памятника, эта паперть - произведение итальянских мастеров начала XVI в. Ее архитектура имеет ближайшую аналогиюв архитектуре Архангельского собора. Большинство исследователей полагает, что паперть была построена по сломке старой паперти, по ее плану. Однако это не так. При входе на паперть, в арке под приделом Архангела Гавриила, сохранился обложенный кладкой XVI в. четырехколонный с кубовидными капителями рундук, в котором исследователи справедливо видят остатки более ранней лестницы, ведущей на ранее существовавшую паперть. Рундук вплотную придвинут к паперти с выходящим на нее северным порталом, из чего следует, что устройство в этом месте лестницы в тех же габаритах было невозможно. Остается предположить, что в 1489 г. паперти в ее сегодняшних объемах (как, впрочем, и северного портала) не существовало. По-видимому, первая Благовещенская лестница имела нечто общее с находящейся напротив нее лестницей с Красным крыльцом у Грановитой палаты. В таком случае, ее покрытие также могло быть тесовым. Северо-западная паперть вычинивалась и укреплялась в 60-е г.г. XVI в., когда у властей возникла идея вынести приделы из полатей внутри собора на ее своды.
        В 1978 г. с Благовещенского собора была сбита штукатурка и обмазка, в результате чего открылись все без исключения кладки памятника. О научных результатах этой реставрации мы, к сожалению, ничего не знаем.