Казалось бы, после разгрома Новгорода Иваном IV в 1569 – 1570 гг.- каменное строительство в Новгороде и Новгородской земле должно было прекратиться. Действительно, в летописи встречаем лишь упоминание об освящении (ремонте) в 1571 г. Покровской церкви Савво-Вишерского монастыря «после государева разгрому».
Кроме того, есть упоминание об освящении в 1572 г. церкви Воскресения в монастыре на Лютовой горе (может быть деревянной).
Куда же «исчезли» новгородские каменщики? Вряд ли все они погибли во время репрессий Ивана Грозного. Оказывается, что уже в 1580-е гг. каменное строительство разворачивается в монастырях Новгородской епархии. Так, в 1577 г. в Соловках начали строить каменный храм Николы. Известно, что в 1552—1556 гг. в монастыре новгородские мастера возвели трапезную и собор (?). Скорее всего, десятилетний перерыв означает уход артели из монастыря. Следовательно, Никольская церковь была построена другими мастерами. Она представляла собой двустолпный одноглавый храм с подклетом и папертью и имела закомарное покрытие, северо-западном углу церкви на сводах была «...палатка каменная со своды. В той палатке часы боевые...». Нельзя не обратить внимание на аналогичную деталь в Успенской церкви в Белозерске 1552—1574 (?).
С 1582 по 1596 гг. возведены уникальные по технике исполнения «циклопические» укрепления монастыря (зодчие Иван Михайлов, Трифон Кологривов). Старцем Трифоном были построены и надвратная церковь Благовещения 1596—1601 гг. и каменные переходы (окончены в 1602 г.), соединившие в один ансамбль собор, трапезную и Никольскую церковь. В дальнейшем каменное строительство в монастыре продолжалось почти без перерывов.
В 1581 г. была сооружена трапезная церковь Рождества в Успенском Тихвинском монастыре. Сходство конструкции и декорации этого храма с церковью Покрова в Александро-Свирском монастыре позволяет сделать предварительный вывод о возведении последней в 70—80-е гг. XVI в., что не согласуется с принятой более ранней датировкой 1533—1535 гг.
Данное предположение в какой-то степени подтверждает и внимание царской семьи и их приближенных к монастырю в 1576-1593 гг.
По описи 1623 г. рядом с трапезной находилась «поварня каменная», построенная скорее всего одновременно с церковью Покрова и трапезной.
По-видимому, в 1584—1590 гг. в Новгородском Духовом монастыре ведутся значительные строительные работы. Сооружены: «Ворота большие монастырские каменный, а на воротах церковь Пречистыя Богородица... другая церковь Преподобный Александръ Свирокий Чюдотворец... колокольница о трех верхах каменна, а под ней келья часовня, а другая проскурня... Другие ворота каменные внизу во рве к клядезю а подли ворот поварня каменная квасная».
В 1582—1594 (?) гг. в Новгороде, на Софийской стороне возводятся каменные Алексеевская и Петровская башни.
К 1592 г на месте церкви Спаса Милостивого «вновь построена Мария Египетская». В 1593 г. мастерами, хорошо знавшими Белозерскую школу, возводятся надвратная церковь Вознесения в Успенском Тихвинском монастыре.
В 1595 г. новгородскими каменщиками Денисом Родионовым и Подосекой Фоминым построена Никольская трапезная церковь Стороженского монастыря.
В 1595 - 1603 гг. в Троицком монастыре на средства Семеона Бекбулатовича строится церковь Одигитрии с приделом Ивана Богослова.
В 1600 г. производились какие-то работы в церкви Воскресения с приделами в Павловой монастыре в Новгороде.
Около 1600 г. сооружается звонница Успенского Тихвинского монастыря, в строительстве которой, видимо, принимали участие как новгородские, так и московские мастера. Вероятно, что в конце XVI — начале XVII в. старицей Д. А. Колтовской построен собор Тихвинского Введенского монастыря — трехглавый с притвором и позакомарным покрытием.
Есть некоторые основания полагать, что в конце XVI в. были построены также трапезная церкви Иоанна Богослова с приделом Рождества Богородицы в Николо-Медведевском монастыре в Новой Ладоге и церковь Василия Кесарийского в Старой Ладоге.
Таким образом, выясняется, что в последней четверти XVI в. в Новгороде и Новгородской земле ведется активное строительство — за тридцать лет возведено более 20 сооружений.
Представляется, что часть новгородских каменщиков уходит из Новгорода в Соловки с 1577 г., где изолированно продолжает свою деятельность. Остальная часть каменщиков, возможно, переходит в Тихвин и Александро-Овирский монастырь, часть из них через несколько лет возвращается в Новгород (известно 4 каменщика-тихвинца в 1584 г.), где до 1600 г. продолжается непрерывное строительство. Вероятно, что часть новгородских каменщиков участвует в строительстве в 1590—1600 гг. в Юго-Восточном Приладожье.
Для архитектуры изучаемого периода характерно: пощипцовое покрытие, двухэтажность, во множестве строятся трапезные и надвратные церкви. Рассмотренный материал позволяет сделать вывод о континуитете каменного строительства в Новгороде второй половины XVI в.